На верхнем этаже под самой крышей старого дома живет маленькая семья - отец и сын. Отец ушел из действующей армии, покинул свой любимый летный полк и тем самым поставил точку на военной карьере - не по своей воле, а так сложились обстоятельства. Он был участником боевых действий и вот теперь, в начале зрелости, оказался уволенным в запас.

Будучи курсантом авиационного училища, он встретил первую и единственную любовь - девушку, ставшую впоследствии его женой и родившую ему сына. Им было тогда по двадцать лет. Жена умерла молодой, но любовь для главного героя осталась сокровенным и неповторимым счастьем.

Повзрослевший сын все больше и больше напоминает отцу его неизжитую любовь, его единственную жену. Отец не представляет своей жизни без сына, а сын преданно и глубоко любит отца. Сыновье чувство, зародившееся еще в детстве, с возрастом усиливается инстинктивной, не осмысливаемой до конца нравственной ответственностью и подвергается испытаниям жизни. Их взаимная любовь почти мифологического свойства и масштаба. Так не бывает в реальности, это коллизия сказки.

Картина Александра Сокурова "Отец и сын" - программное произведение режиссера. Как и в первом фильме трилогии "Мать и сын", режиссер воссоздает материальную среду притчи, у которой нет начала и конца, нет временных и топографических вех. Точнее, по этим вехам, произвольно перепутанным в картине, можно заблудиться в эпохе, в среднеевропейском пейзаже... Мы увидим и солдатскую форму новейшего образца, и дамские платья и прически 40-60-х годов. И крыши, и узкие улицы старого северного города под пылающим солнцем юга.

Этот собирательный пейзаж и есть место действия, почти незаметно перетекающее в интерьеры, где быт не столько типичен, сколько условен: стол, постель, комнатные цветы - не приметы, но символы человеческого жилища.

Остро индивидуальны и современны в картине лица людей: в главных ролях снимались непрофессиональные исполнители. Сын, выросший без матери, в отцовской любви обрел свою колыбель, свой дом, свою школу и свою гавань, но наступающая юность зовет его в открытое море жизни. Его метания между интересом к отцовскому прошлому и собственной несчастливой любовью (его девушка ушла к другому) не находят разрешения.

Отец, чья молодость еще не прошла, в тревогах сына ощущает боль переламывающегося надвое мира, прежде для них единого. Отец и сын отныне будут жить каждый своей жизнью, чтобы когда-нибудь снова найти друг друга.